中央纪委国家监委组织机构包括：内设职能部门、直属单位和派驻纪检监察组。内设职能部门具体为：办公厅、组织部、宣传部、研究室、法规室、党风政风监督室、信访室、中央巡视工作领导小组办公室、案件监督管理室、第一监督检查室至第十一监督检查室、第十二审查调查室至第十六审查调查室、案件审理室、纪检监察干部监督室、国际合作局、机关事务管理局、机关党委、离退休干部局。
此外，设有中国纪检监察杂志社、中国纪检监察报社、中国方正出版社、网络中心、网络技术中心、机关综合服务中心、信息中心、中国纪检监察学院、中国纪检监察学院北戴河校区等直属单位。设有中央纪委国家监委派驻纪检监察组。